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Galera,
Um amigo me falou pra usar o "aptitude" ao invés do apt-get para atualização dos repositórios do Debian. Fiz o teste e fiquei satisfeito. O segredo é que o aptitude checa conflitos entre os pacotes do seu sistema e o repositório do Debian que serao instalados.
O aptitude faz reversões ou instalações adicionais (se necessário) com o objetivo de manter a integridade do sistema e somente instala pacotes quando julga que nao haverá conflito.
Nao é 100% seguro (ainda mais pra quem usa sistemas base Debian como eu), mas as chances de quebrar seu sistema são bem menores que o apt-get.

Para instalar basta digitar no console
# apt-get install aptitude

Depois é como o apt-get
# aptitude update (para atualizar a lista)
# aptitude upgrade (para atualização do sistema)

Para instalar aplicativos
# aptitude install 'program'

Para remover aplicativos
# aptitude purge 'program'